药学专业于2005年获教育部批准，2006年正式招生。该专业以化学和生物学两大学科为基础，目标是为祖国制药工业和药物研究机构培养具有扎实药学基础理论和基本技能的、能够从事创新药物研究的专门技术人才。

本专业师资力量雄厚，主要为海外引进人才及共建单位的知名学者等25位教师，其中教授13名（均为博士生导师）包括国家973首席科学家1名、上海市领军人才1名、国家杰出青年科学基金获得者2名、教育部新世纪优秀人才3名、校特聘教授5名、校讲座教授5名；副教授8名，讲师 7 名。学科分布涉及生物物理化学、药物设计、药物化学、药物筛选、药理学、化学生物学等。现正承担国家973计划、863计划、国家自然科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、上海市浦江人才计划、上海市科委重点基础研究等科研项目40余项。

主要学科带头人蒋华良教授是我国著名的药物化学家，国家973计划首席科学家，中国科学院上海药物研究所副所长、药物发现与设计中心主任，beat365·体育官网现任院长；钱旭红教授是我国著名的农药学专家，国家973计划首席科学家，beat365·体育官网现任校长。

本专业的特色主要有三个：一是遵循从基因到药物的原理，培养学生从源头入手（从基因入手和从小分子化合物入手）进行创新药物研究的能力。二是理工结合，与国外大学药学教育模式相一致。既充分发挥beat365·体育官网在化学、化工、生物、生工以及制药工程、中药现代化工程、农药等学科专业的独特优势，同时又依托中国科学院上海药物研究所创新药物研究的强大实力，以培养研究型药学人才为主又具有理工结合的特色。三是强调国际性。借助于本专业师资力量所具备的年轻（大都是40岁左右）、高学位（大都是博士）、国际化（大都具有海外留学经历）等特点，吸收国内外先进教学经验，努力提高药学学科建设的国际化水平；从三年级开始，实行本科生导师轮流制，通过真正接触课题研究来培养学生个性化学习兴趣；同时经常邀请国外专家来华进行短期讲学，使学生们尽早接触学科国际前沿，使学生在语言和专业方面具备国际交流能力。

本专业的主干学科是化学、生物学和药学。主要课程包括：现代基础化学、有机化学、物理化学、生物化学、药物化学、天然药物化学、微生物学、分子生物学、药理学、药物分析、药物筛选、药物设计学、药学文献检索、药学专业实验等。

本专业毕业生的主要去向有：出国或报考药学或相关专业的研究生，进一步深造；可到科研院所或制药企业从事新药研究或药品检验；可到相关院校从事药学教学等。

本专业学制四年，学生达到教学要求后，可获得本科毕业证书和理学学士学位证书。