学院拥有制药工程、药物制剂、药学三个本科专业。其中制药工程专业起源于1953年建校初期设立的化学制药（工学）专业，是国内最早创办的同类专业；2008年1月入选教育部特色专业；2010年5月入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业；2012年入选教育部专业综合改革试点，同年获批与上海医药集团共建国家级工程实践教育中心，并首家通过制药工程专业国家工程教育专业认证。已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。2019年制药工程专业获准进入首批国家级一流本科专业建设行列。

      药学专业于2005年获教育部批准，2006年正式招生。药物制剂专业已于2021年并入药学专业招生。该专业以化学和生物学两大学科为基础，目标是为祖国制药工业和药物研究机构培养具有扎实药学基础理论和基本技能的、能够从事创新药物研究的专门技术人才。2019年药学专业获准进入首批国家级一流本科专业建设行列。该专业于2023年首次通过专业认证。